阿笠博士
新一家的邻居，发明家。看着新一从小长大，新一在变小之后第一时间找的就是他，虽说没能帮新一研究出恢复的解药，但也为他发明了很多实用的道具。
工藤优作、工藤有希子
新一的父母，一个是世界知名推理小说作家、一个引退前是世界知名女星。长期旅居美国，目前已由工藤优作推测出组织BOSS为乌丸莲耶。
灰原哀（宫野志保）
原为黑衣组织科学家，代号Sherry，负责研究APTX4869，但因姐姐宫野明美被杀开始反抗组织而被囚禁，服下APTX4869，身体缩小后从组织逃离，寄住在阿笠博士家。
宫野明美
宫野志保的姐姐，赤井秀一的前女友，为带妹妹脱离黑衣组织而答应了琴酒执行抢劫10亿日元的任务，但在完成任务后却依旧被琴酒枪杀。临死前柯南告知了她自己的真实身份。
服部平次
与工藤新一齐名的关西名侦探，于《福尔摩斯迷杀人事件（后篇）》通过推理识破了柯南的真实身份，成为《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南真实身份的人。
贝尔摩德
黑衣组织成员之一，真实身份为工藤有希子的好友兼美国女明星莎朗•温亚德。曾易容为杀人魔，但却让赤井秀一击伤，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。
领域外的妹妹、世良真纯
其实为母女二人，但因某一原因领妹变小，同时也分别是赤井秀一的妈妈和妹妹。早在十年前就见过当时还是小孩的工藤新一。疑似领妹和黑衣组织也存在一定关系，在得知解药的存在后，表示可以结束躲藏，转守为攻。
