马匹的毛色在某些情况下，会受到内在（如年龄阶段、生理状态、基因特性等）及外在（如摄入营养、生活环境、日照时长等）因素影响而产生变化，我们仅凭肉眼判断，有时候会很容易在不同毛色之间产生混淆，所以了解毛色的遗传原理，并结合祖先、父母及后代的毛色加以推断，便能对一匹马的毛色进行更准确判断，但为何正确辨别毛色如此重要？因为每一匹国内纯血马，都必须通过 中国纯血马登记管理委员会（CSBC）进行登记，方可取得一个国际认可身份，无论在国内比赛、繁育抑或有朝一日冲出国门，才能够通行无阻， 而毛色正是其中一项最为重要的登记特征，庆幸纯血马品种毛色种类不多，主要分黑色 、栗色、骝色、褐骝色及青色五个大类，要了解他们的遗传原理，也不至于太过复杂。
要了解毛色的形成，基本的遗传原理还得先简单介绍，马匹身上有很多与毛色相关的基因座（Locus），它们掌管着不同毛色特征的表达，每一个基因座中均有两个等位基因（Allele），一个遗传自父亲，一个遗传自母亲，这两个等位基因正如基因座的开关，相对的毛色特征是否发生、如何发生，将完全取决于这两个等位基因的版本，以及它们之间的组合情况来决定，黑、栗、骝、褐骝及青，这五大登记种类，基本由三个不同的基因座所掌管，并在它们之间的不同互动下，产生我们常见的马匹毛色。
黑色与栗色
Black & Chestnut
●●
黑色（Black）与栗色（Chestnut）由同一个基因座（E-Locus）掌管，并决定着一匹马的基础毛色，换言之黑或栗，是每一匹纯血马的底色，除此以外的所有毛色，均是基于这两种底色，叠加其它基因座的作用演变而成。
在这个基因座当中，可能出现的等位基因组合分别为：＂黑黑＂（● ●）、＂黑栗＂（● ●）及＂栗栗＂（● ●），简单来说黑色基因比栗色基因更强，能在马匹毛色上获得优先表达，所以拥有前两个等位基因组合的马匹（● ●及 ● ●）均会是黑色马，日本的种马传奇 Sunday Silence「周日宁静」（USA）（下图），便是一匹黑色的纯血马。
因为 拥有＂ 黑黑＂（● ●）基因组合的马匹，他的后代必然会遗传到一个黑色基因，故不可能生产出栗毛子女，但「周日宁静」的情况却非如此，曾产下过不少栗色后代，所以我们可以推断，他身上的等位基因组合必定是＂黑栗＂（● ●）。
至于该基因座中出现＂栗栗＂（● ●）组合时，马匹的全身毛发将呈现栗色，与「周日宁静」一样，曾胜出美国三冠大赛首两关赛事，并即将追随前辈步伐，前往日本配种的 California Chrome「闪亮加州」（USA） （下图），便是一匹栗色的纯血马。
「闪亮加州」的父母均为栗色马，而他的几匹同父同母弟弟妹妹，毛色亦悉数为栗色，进一步印证了栗毛与栗毛的配合，后代必然是栗毛的原理，因为他们只可能从父母身上，各获得一个栗色基因，并在基因座中构成 ＂栗栗＂（● ●）组合。
栗毛马本身也有不同的色调，如偏红的、偏黄的，亦会有偏深的，比如有铁马之称的欧洲马王 Giant's Causeway「巨人长堤」 （USA） （下图），他的毛色便属于偏深的栗毛版本。
由于栗色基因 （●）可以被较强的黑色基因 （●）所掩盖， 拥有＂隐而不显＂的特性，所以有时候可以数代遗传不断，但仍然无法在马匹身上察觉，上世纪末的日本马王 Taiki Shuttle「大树快车」 （USA） （下图），便是这样的一个经典案例，他的近三代祖先无一为栗毛马，但在祖先身上隐藏多时的 栗色基因（●），终于在他的基因座中凑成对，并实现了栗毛的表达。
根据毛色的遗传原理，黑比栗要拥有更高的出现概率，但在现实当中，为何栗毛马更为常见，数量要远胜于黑毛马呢？
骝色与褐骝色
Bay & Brown
● ○
负责骝色（Bay）及褐骝色（Brown）的基因座（A-Locus），当发挥作用时，会让身上的黑毛红化，但四肢、鬃毛与尾毛除外，该些部位将保持原来的黑色，但无论红化发生与否，均不会对栗毛产生任何影响，这正解析了为何栗毛马比黑毛马更为常见，因为很多黑毛马在这个基因座的作用下，变成了骝色或褐骝色，反过来说， 骝色及褐骝色，本来是黑色的。
会在这个基因座中出现的等位基因，主要有＂显性＂（●）与＂隐性＂ （○）两种，可能性组合包括： ＂显显＂（●●）、＂显隐＂（●○）及＂隐隐＂（○○），前两个组合的出现，黑毛红化均会发生，而最后的一个组合，基因座将进入不作为状态，我们回到上方提到的「周日宁静」，他的这个基因座，必然是 ＂隐隐＂（○○）组合，否则他便会是一匹骝色或褐骝色马，而不会是黑色马。
骝色在纯血马世界中十分普遍，他们的鬃毛、尾巴及四肢均为黑色，而身体则呈枣红色，澳洲地区热门种公马 I Am Invincible「我志气高」（AUS） （下图）便属典型的骝色马。
骝色亦有较深的版本，比如说现时在日本炙手可热的种公马，三冠雌马 Almond Eye「杏目」（JPN）之父 Lord Kanaloa「龙王」（JPN）（下图），他身上的毛色便是如此。
至于褐骝，由于其普遍性，在进行马匹登记时，会被列为独立的毛色分类，但在基因角度上，它仅属骝色下，颜色更深、更接近棕色的一个版本，有时候更会与黑色十分接近，澳洲著名种公马 Savabeel「小法宝」（AUS）（下图），便是一匹褐骝马。
到底骝色的深浅如何呈现，是骝色、黑骝色抑或褐骝色等，将依据这个负责黑毛红化作用的基因座（A-Locus）中，等位基因的显与隐组合如何 （●● 或 ●○），以及掌管底色的基因座（E-Locus）中，黑色基因是纯合型抑或杂合型（● ●或 ● ●），在不同组合下，共同发挥作用的不同结果，大致的组合为：
骝色（● ●+ ●●）
黑骝色（● ●+ ●●）或（● ●+ ●●）
褐骝色（● ●+ ●○）
我们再次把话题回到黑马身上，有时候黑色会因为日照、汗湿等原因出现褪色情况，从而在身上出现棕色色调，所以较深色的褐骝与黑毛马会很容易产生混淆情况，导致登记信息错误，最上方举例的「周日宁静」，在美国时便被登记为褐骝色，但其实他是一匹正宗的黑马。
另外较深的栗色，与黑骝色及褐骝色，也时会出现难以辨别的情况，他们之间的区别，主要依靠四肢、鬃毛及尾毛等地方的颜色来进行判断，黑骝与褐骝的这些部位，必然是黑色，而深栗色，则保持着栗色的色调。
青色
Grey
●○
负责青色（Grey）特征表达的基因座（G-Locus），当发挥作用时，无论是黑、栗、骝或褐骝，均会受到影响，是一个霸道的毛色特征，但青色在遗传角度上，并不能定义为一种毛色，因为马匹的颜色并非天生如此，在这个基因座的作用下，马匹本身的毛色会随着时间推移，被新生的白色毛发取代，是一个整体逐渐白化的过程。
要启动毛色白化，基因座中只需要一个显性基因 （●）便可，可能的等位基因组合包括： ＂显显＂（●●）、＂显隐＂（●○）及＂隐隐＂（○○），所以所有的 黑、栗、骝或褐骝马，该基因座的等位基因均为 ＂隐隐＂（○○），否则他们将悉数变成青马，而青马的身上，组合则必定是 ＂显显＂（●●）或＂显隐＂（●○），美国种马冠军 Tapit「塔皮特」（USA）便是一匹青马的例子。
上图为 「塔皮特」已经成为种公马的照片，可以看到全身的毛色白化基本完成，但他在年轻时的颜色并非如此，下图为他服役时的照片，当时的毛色呈灰色，白化仍然在进行当中。
我们再看看 「塔皮特」在拍卖会上，曾经亮相的一些青色周岁子女，可以看到不同的原始毛色、不同的白化进程，产生了不同的青毛版本。
由于青马基因拥有＂有则显＂的特性，所以父母必须有一方为青马，才能生产出青马后代，而基因座中拥有 ＂显显＂（●●）等位基因组合的种公马或种母马，他或她必然无一例外地生产出青马后代，因为总会有一个青色基因 （●）会遗传给到子女，我们再看看 「塔皮特」的后代中，曾出现过不少青色以外的毛色，所以可以断定他身上的基因组合必定为 ＂显隐＂（●○）。
其它
Others
在悠长的繁育历程当中，一些已完全陷入隐性状态的毛色基因，亦会通过罕见的基因突变，从隐性变成显性，让一些负责其它毛色特征的基因座，重新发挥作用，形成登记标准以外，稀有的纯血马毛色，而当中比较常见的，当属白毛马，下图是在新西兰出生，通过基因突变而获得一身白色被毛的纯血母马 The Opera House（NZ）。
而在 The Opera House 身旁的白色小马驹，正是他与骝色种公马 Mongolian Khan「蒙古可汗」（AUS）结合所出的女儿，可见白马的形成，相关基因座（W-Locus）只需要一个显现基因便可，因为 「蒙古可汗」遗传给小雌马的白色等位基因，必定为隐性。
白马与年长的青马，也十分容易出现混淆情况，白马除了天生白外（青马为逐渐变白），他们的皮肤在相关基因座的作用下，会呈粉红色（眼睛亦会时呈蓝色），所以观察如吻部及眼睛周围等的皮肤颜色，便可进行准确分辨（青马的皮肤是黑色）。
世上无奇不有，到底在这个世界上，还曾经出现过什么样毛色特别的纯血马呢？
或许对于其它马品种，这些毛色并不属十分罕见，但在纯种马品种中，若非通过基因突变，那是难以看到的。
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