随着测序行业的不断发展，测序的数据量越来越大，各个组学的数据也越来越多，这些庞大的数据背后潜藏着无数的生物学问题，而查看这些数据的软件就是帮助我们解开这些问题的敲门砖。
目前大家常用的文本编辑器有excel、notepad++、Editplus等，但是做过测序的朋友都知道，我们经常会遇到动辄几百M b的数据，因此会面临一个问题：文件太大，excel等软件通常难以打开。比如序列文件、SNP信息总表、10X单细胞转录组表达量结果等，至少都是几十M b的数据，即使excel能打开，也非常耗费时间，甚至只能显示一半的信息，或者打开后操作起来非常卡，对我们查看和分析数据非常不便。
图1 Excel、notepad++打开254Mb文件时未完全加载或无法打开
今天给大家推荐几个软件，帮助我们轻松打开大型文件。
Everedit文本编辑器
http://www.everedit.cn/
Everedit在2012年发布，是一款由国人研发制作的软件，主要适用于Windows系统，是可以用较少内存打开巨大文件的纯文本编辑器，目前已更新到4.2版本，软件相对较成熟，具有一定的稳定性，everedit的文件仅5Mb左右，但它的功能十分强大。
从性能上来看，32位系统最大可以打开2G的文件，直接将文件拖动进软件或者点击操作栏的“文件→打开”功能即可打开文件。打开时也只需要十几秒的时间，小编尝试打开3G的文件，虽然可以正常打开，但操作时会有一些卡，打开1G的文件时则完全没有问题。使用时也非常的流畅， 轻轻松松就可以打开测序结果进行数据查看，不会像excel打开大型文件后就卡到黑屏。。。
图2 Ever edit操作界面
Ever edit还具有 便捷迅速的查找替换功能，当我们想查询测序中的特定数据时，ctrl+F即可进行查询，查询到的结果会罗列在下方输出窗口，双击特定结果即可跳转到对应的位置，右侧的拖动功能还可以快速地移动位置。
Ever edit 不仅能打开大型文件，还具有 非常强大的编码能力，如支持脚本和插件、着色系统、二进制编辑等。虽然Everedit功能强大，但它是个收费软件，下载后有30天左右的试用期，试用期结束之后需要另行收费，如果只是偶尔需要使用，可以在到期后去官网下载不同的版本使用。但如果需要长期使用的话，可以买个会员，158元就能够终身使用。
sublime text
http://www.sublimetext.cn/3
sublime text也是一个十分强大的编辑器，在2013年发布，目前已经更新到3.2版本，支持OS、windows、Linux系统。
sublime text是个收费软件，但是可以无限试用，使用过程中会弹出授权提示，类似office软件，不影响使用。
sublime text既可以编辑文本信息，还能编写程序，功能十分强大，不过相比Ever edit，它打开大型文件就没有那么快速了，时间会多几秒。打开超过500Mb的文档会有些卡顿，但如果是500Mb以下的文件，就可以放心使用。在操作的时候会稍微有点卡，没有Ever edit运行的流畅，但它有无限 试用的优点，如果需要长期处理大量数据的话，那么这也是个非常值得推荐的软件。
图3 sublime text操作界面
eGPS
http://www.egps-software.org/
上述两个软件的高级功能更适合程序员使用，而eGPS[1] 则是一个可以进行生物分析的软件，适用于OS和windows系统，包含基因组分析、群体数据分析、进化数据分析、网络分析以及图形可视化这五部分。
在打开大型数据上没有everedit和sublime text快，但它非常适合打开vcf文件，vcf是记录变异位点的标准格式，在基因组学分析中非常常见，eGPS可以打开10个G的vcf文件，完全能支持我们对测序数据的查看和编辑，可以直接将文件拖动进操作界面，或者点击“file→import data”打开文件。
图4 500MB的vcf文件几秒钟打开
软件还支持对vcf文件进行数据过滤和分析，进行中性检验、估计进化距离、构建进化树等分析。除了这些，eGPS还能进行图形的绘制，包括热图、韦恩图等，不过相对来说图形绘制功能稍弱，具体的中英文操作手册在eGPS官网中都有提供，软件完全免费，如果想要进行一些群体遗传方面的分析，可以下载下来进行研究。
在介绍了上述3个软件之后，大家对大型文件怎么打开应该有了基本的了解，不同的软件具有不同的优点，可以根据自己的实际情况选择软件（见表1）。
表1 四种软件对比
那么就介绍到这里了，我们下期再见~
参考文献
[1]Yu D, Dong L, Yan F, et al. eGPS 1.0: comprehensive software for multi-omic and evolutionary analyses[J]. National Science Review, 2019, 6(5): 867-869.返回搜狐，查看更多