TCGA中的组学数据我们可以借助各大线上数据库/工具完成分析，比如以往也介绍过一些比较常用的：
《不会代码？宝藏在线工具GEPIA2轻松挖数据！》
《在TISIDB中输入1个基因挖掘10个方向！》
《引用2万次！多维度基因组学综合探索：cBioPortal数据库使用指南》
《使用UALCAN探索转录/蛋白/临床公共数据！》
《多组学关联和功能富集神器！LinkOmics使用指南》
《六大功能分析一次搞定！免疫浸润之TIMER使用指南》
《免疫浸润神器更新！TIMER2.0使用指南》
《分享一个人类蛋白图册数据库》
这些线上工具都收录了TCGA或者其它公共数据，可直接上手使用进行数据挖掘和输出图表，无需任何湿实验或编程代码基础，目前也是可以发纯生信文章的，比如以下这篇单基因泛癌文：
- 文章： Pan-Cancer Analysis Identified C1ORF112 as a Potential Biomarker for Multiple Tumor Types
- 发表期刊： Frontiers in Molecular Biosciences
- 影响因子： 5.246
- 发表时间： 2021年8月
我们以论文结果中的图表为例，分几期为大家复现整篇文章。
Fig1：C1ORF112的基因表达分析
Fig1用四张图分析了C1ORF112基因在不同类型肿瘤和正常组织中的表达状况，以及在脊椎动物中C1ORF112的保守性。由于绘制图D所使用的Oncomine数据库已经关闭，并且也只是作为一个表达情况的验证，这里我们不再介绍。
（Fig1）
复现工具：
1. HPA（人类蛋白质图谱）：https://www.proteinatlas.org/
2. UCSC 基因组浏览器：http://www.genome.ucsc.edu/index.html
3. TIMER2.0：http://timer.cistrome.org/
图A：C1ORF112在人类正常组织中的表达情况
打开HPA数据库，检索目标基因C1ORF112，如下。
点击Tissue。
页面下翻即可获得图A。Consensus dataset是基于HPA和GTEx两个数据库来源的人类正常组织的RNA-seq测序共识数据集，展示了C1ORF112在人类不同正常组织中的表达情况，不同颜色代表不同器官，比如黄色的柱子为脑部相关组织的表达。
基于HPA、GTEx、FANTOM5单个数据集的组织表达柱形图在文章中作为补充图表，我们也都能在同一页面获取。
想查看C1ORF112在各细胞类型中的表达情况，可以通过点击网页顶部的单细胞Single cell type（第三个）。
页面下拉即可获取，下图也作为了论文补充图表提供。
图B：C1ORF112基因保守分析
进入UCSC浏览器首页，点击右侧的Genome Browser。
选择人类基因组版本（测序项目一般选择hg38），并输入目标基因C1ORF112，点击GO。
即可展示基因组相关信息，目前是一个默认的展示配置，控制版块在页面下方，相关内容可以按需进行添加和隐藏，点击refresh即可刷新，这里复现不需要我们就不再展示了。
不需要的信息我们也可以通过将鼠标右击，选择hide进行快速隐藏。
最后通过网页顶部菜单栏View—PDF/PS输出矢量图表。
图C：C1ORF112基因在不同类型肿瘤中的表达情况
进入TIMER2.0首页，选择Cancer Exploration—Gene_DE。
输入目标基因C1ORF112。
即可显示C1ORF112在TCGA的不同类型肿瘤中的表达情况，以及tumor和normal表达是否有显著差异（红tumor，绿normal，部分白底表示缺乏normal的RNA-seq测序数据）。
关于HPA和TIMER2.0的具体使用我们往期也有介绍，具体有兴趣可戳：
《分享一个人类蛋白图册数据库》
《免疫浸润神器更新！TIMER2.0使用指南》
好啦，今天的分享就到这里！
参考文献
Chen J, Mai H, Chen H, et al. Pan-Cancer Analysis Identified C1ORF112 as a Potential Biomarker for Multiple Tumor Types[J]. Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8.
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