本期美格导读为大家播报有关转录组的最新研究进展！
标题：Digital assessment of tertiary lymphoid structures and therapeutic responses in gastric cancer: A multi-centric retrospective study
译名：癌症三级淋巴结构的数字化评估和治疗反应：一项多中心回顾性研究
作者：Yan Chen等
时间：2024-06-17
期刊：International Journal of Surgery (London, England)
影响因子：12.5
DOI：10.1097/JS9.0000000000001834
摘要
背景：三级淋巴结构（TLS）与癌症良好的预后和对抗癌治疗的增强反应相关。TLS的数位评估可以提供一种客观的替代方案，减轻人工评估固有的可变性。本研究旨在开发和验证基于生物学先验知识的数位基因panel，用于评估三级淋巴结构，并进一步研究其与存活和多种抗癌疗法之间的关系。
材料与方法：本研究涉及来自七个癌症中心的1704名胃癌患者。通过苏木精和曙红染色在形态学上鉴定出三级淋巴结构。我们以靶基因表现量为基础，发展了数位评估的分数去评估TLSs的状态，并以此纪录为TLS基因特征 (gsTLS)。为了增强可解释性，我们采用了SHapley加性解释（SHAP）分析来阐明其对预测的贡献。接下来，我们评估了签名与预后的关系，并研究了其对多种抗癌疗法（包括辅助化疗和免疫疗法）的预测准确性。
结果：具有9个基因特征的gsTLS小组在预测训练，内部和外部验证队列中的TLS状态方面取得了很高的准确性（曲线下面积，范围：0.729-0.791）。在多变量分析中，调整其他临床病理变量后，gsTLS仍然是无病和总生存率的独立预测因子（风险比，范围：0.346-0.743，均P＜0.05）。SHAP分析强调，与临床特征相比，gsTLS是TLS状态的最强预测因子。重要的是，高gsTLS患者（而非低gsTLS患者）从辅助化疗中获益匪浅（P＜0.05）。此外，我们发现高gsTLS组（40.7%）对抗程序性细胞死亡蛋白1（抗PD-1）免疫治疗的客观缓解率显著高于低gsTLS组（5.6%，P=0.036），并且诊断独立于爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV），肿瘤突变负荷（TMB）和程序性细胞死亡配体1（PD-L1）表达。
结论：gsTLS数位panel可以准确评估TLS状态，并提供有关胃癌预后和多种治疗反应的信息。
推荐语
作者研究团队开发了一款能通过监测三级淋巴结构而评估治疗及预后效果的数位基因panel，可避免人工评估造成的差异，也可用于胃癌治疗及预后的辅助指标。
标题：Triptolide and its pro-drug Minnelide target high-risk MYC amplified medulloblastoma in preclinical models
译名：雷公藤甲素及其前药米奈利在临床前模型中靶向高危MYC扩增的髓母细胞瘤
作者：Jezabel Rodriguez-Blanco等
时间：2024-06-11
期刊：The Journal of Clinical Investigation
影响因子：13.3
DOI：10.1172/JCI171136
摘要
大多数髓母细胞瘤（MB）儿童获得缓解，但有些儿童面临非常具有侵袭性的转移性肿瘤。米奈利德是天然产物雷公藤甲素的临床相关类似物，在临床前和早期临床环境中均具有抗肿瘤活性。尽管米奈利德是具有功效的，以及其具有可以被耐受的毒性，但该化合物尚未在MB中进行评估。利用整合了基因表现与细胞药物反应的生物信息数据库，我们预测5年生存率较差的第3组（G3）MB对雷公藤甲素/米奈利特敏感。随后，我们发现雷公藤甲素和米奈利都能减弱体外G3 MB细胞的活力。转录组学分析确定MYC信号传导是G3 MB的病理相关驱动因素，是这类药物的下游靶标。我们在G3 MB细胞中验证了这种MYC依赖性，并表明雷公藤甲素通过降低MYC转录和MYC蛋白稳定性来发挥其功效。重要的是，米奈利德作用于MYC以减少肿瘤生长和软脑膜扩散，从而提高了G3 MB动物模型的存活率。此外，米奈利提高了辅助化疗的疗效，进一步突出了其治疗MYC驱动的G3 MB患者的潜力。
推荐语
此研究利用转录组分析米奈利德对髓母细胞瘤的治疗效果，结论是此药物对髓母细胞瘤经由作用于MYC而减弱体外G3 MB细胞的活力而具有治疗患者的潜力。
标题：Transfection of entomopathogenicMetarhizium species with a mycovirus confers hypervirulence against two lepidopteran pests
译名：用真菌病毒转染昆虫病性绿僵菌可以对两种鳞翅目害虫具有高毒力
作者：Guo Jiashu等
时间：2024-06-17
期刊：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
影响因子：9.4
DOI：10.1073/pnas.2320572121
摘要
尽管大多数已知的感染高等真核生物致病真菌的病毒是无症状的或降低了其宿主真菌的毒力，但仍需要探索那些赋予昆虫病原真菌高毒力的病毒。在这里，我们鉴定并研究了从小褐飞虱（Laodelphax striatellus）中分离的绿僵菌（Metarhizium flavoviride）中的新型真菌病毒。根据分子分析，我们初步将该真菌病毒命名为Metarhizium flavoviridepartitivirus1（MfPV1），它是分体病毒（Partitiviridae）科分体病毒（Gammapartitivirus）属的一种。MfPV1具有两个双链RNA作为其基因组，大小分别为1775和1575 bp，包裹在等长颗粒中。当我们用MfPV1转染金龟子绿僵菌和平山绿僵菌的商业菌株时，分生孢子明显增强（t检验；P值<0.01），并且在病毒转染菌株中发现小菜蛾（Plutella xylostella）和粘虫（Spodoptera frugiperda）这两种重要的鳞翅目害虫的幼虫死亡率显著较高（ANOVA；P值<0.05）。转录组学分析表明，MfPV1感染的金龟子菌中发病相关基因的转录水平明显改变，表明绿僵菌粘附素样蛋白，水解蛋白和destruxin合成酶的产生增加。需要进一步的研究来阐明MfPV1增强发病相关基因表达和绿僵菌对鳞翅目害虫毒力的机制。这项研究提供了实验证据，表明用真菌病毒转染其他昆虫病原真菌物种可以赋予其显著的高毒力，并提供了一个很好的例子，即真菌病毒可以用作增效剂来增强昆虫病原真菌的生物防治活性。
推荐语
作者团队鉴定并研究了新型真菌病毒MfPV1，并且发现此病毒转染其他昆虫病原真菌物种后，可以用作增效剂来增强昆虫病原真菌的生物防治活性。
标题：Advances and applications of biomimetic biomaterials for endogenous skin regeneration
译名：内源性皮肤再生仿生生物材料的研究进展与应用
作者：Mengyang Wang等
时间：2024-05-30
期刊：Bioactive Materials
影响因子：18
DOI：10.1016/j.bioactmat.2024.04.011
摘要
内源性再生正在成为伤口愈合的一种越来越重要的策略，因为它促进了皮肤自身的自我修复再生潜力，从而避免了免疫排斥和外源性感染的风险。然而，目前用于诱导内源性皮肤再生的生物材料的结构和功能过于简单，缺乏准确模拟复杂组织结构和调节无序微环境的能力。具有精确结构，化学组成和生物物理特性的新型仿生生物材料为实现完美的内源性皮肤再生提供了有前途的途径。在这里，我们从结构和功能模仿，生理过程调节和生物物理特性设计方面概述了仿生材料诱导的内源性皮肤再生的最新进展。此外，强调了包括原位重编程，柔性电子皮肤，人工智能，单细胞测序和空间转录组学在内的新技术，这些技术有助于仿生生物材料的发展。最后，讨论了仿生生物材料进一步研究和应用的前景和挑战。本综述为快速解决高质量皮肤再生的临床问题提供了参考。
推荐语
这篇综述中总结了具有不同物理和生物特性的仿生材料的最新进展，这些材料可以促进损伤组织结构和微环境的重建，并实现皮肤高质量的内源性再生。
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